Le Projet d'Etablissement définit la stratégie du Centre Hospitalier et fixe, sur la base du projet médical, les objectifs généraux de l'établissement. Il intègre les dimensions de qualité, de formation, de recherche, de gestion et des systèmes d'information.
Il comprend un projet de prise en charge des patients associant le projet médical et le projet de soins, ainsi que le projet social.

Le projet d'établissement, obligatoire pour chaque établissement public de santé depuis 1991, est défini pour une durée de 5 ans. Il précise la contribution de l'établissement aux priorités posées par le Schéma Régional d'Organisation Sanitaire (SROS) pour répondre aux besoins de santé de la population, et en articulation avec le Contrat Prévisionnel d'Objectifs et de Moyens (CPOM) signé avec l'Agence Régionale de l'Hospitalisation de Bourgogne.